Pengadilan Negeri Kotabaru memiliki wilayah hukum mencakup wilayah administrasi Kabupaten Kotabaru.
Kabupaten Kotabaru memiliki luas wilayah 9.422,46 km2 dan memiliki 21 (dua puluh satu) kecamatan yaitu:
- Kecamatan Hampang,
- Kecamatan Kelumpang Barat,
- Kecamatan Kelumpang Hilir,
- Kecamatan Kelumpang Hulu,
- Kecamatan Kelumpang Selatan,
- Kecamatan Kelumpang Tengah,
- Kecamatan Kelumpang Utara,
- Kecamatan Pamukan Barat,
- Kecamatan Pamukan Selatan,
- Kecamatan Pamukan Utara,
- Kecamatan Pulau Laut Barat,
- Kecamatan Pulau Laut Kepulauan,
- Kecamatan Pulau Laut Selatan,
- Kecamatan Pulau Laut Tanjung Selayar,
- Kecamatan Pulau Laut Tengah,
- Kecamatan Pulau Laut Timur,
- Kecamatan Pulau Laut Utara,
- Kecamatan Pulau Sebuku,
- Kecamatan Pulau Sembilan,
- Kecamatan Sampanahan, dan
- Kecamatan Sungai Durian.